Struktura Mazowieckiego Urzędu Wojewódzkiego w Warszawie została zbudowana w oparciu o następujące komórki organizacyjne:

• wydziały
• biura
• Zespół Audytu Wewnętrznego.
  
  

Wydziałami i biurami kierują dyrektorzy oraz, jeśli zostali powołani, ich zastępcy. Dyrektorzy odpowiadają za prawidłową realizację zadań przed Wojewodą Mazowieckim oraz Dyrektorem Generalnym. Wydziały i biura dzielą się na samodzielne stanowiska pracy oraz oddziały, którymi kierują kierownicy.

Delegaturami kierują kierownicy delegatur, którzy są odpowiedzialni przed Wojewodą Mazowieckim oraz Dyrektorem Generalnym za prawidłową realizację zadań.

Zespół Audytu Wewnętrznego kierowany jest przez audytora wewnętrznego, panią Martę Wrzesińską.